Często odbywają się dyskusje dotyczące formatu w jakim przechowywać konfiguracje aplikacji. Najczęściej wybierane sposoby to pliki INI, YAML oraz XML. Za najlepsze rozwiązanie uważam wykorzystanie XML'a.

Główną zaletą XML jest jego popularność oraz szereg standardów które znacznie usprawniają pracę. Struktury XML są bardzo łatwo rozszerzalne poprzez XInclude. Walidację takiego pliku można bardzo szybko rozwiązać tworząc plik XSD, natomiast jeżeli potrzebujemy ładnej prezentacji zawartości, wystarczy stworzyć plik XSLT oraz napisać kilkadziesiąt linijek.